「第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形庄严其身；令一切有情如我无异」。
在此第一愿中药师琉璃光佛成佛之时以光明而作佛事利益众生，他成佛时就要令诸众生身相庄严，更要令一切众生皆悉成佛，如他药师琉璃光佛没有差别。
或许有人会问：过去大家都说只有帮助众生身相庄严，没有说要帮助众生成佛，怎么你这样说呢？
其实诸位如果细心去思考，三十二大丈夫相，八十随形庄严。这些都是佛的庄严相，是佛透过多生累劫修习而有，这就是告诉我们药师琉璃光佛他就是要帮助我们修行诸佛之行。
而我们从法华经的角度来了解，诸佛出于世间就是要帮助众生成佛，那药师琉璃光佛又怎么只会那样狭隘的只是让众生身相庄严而已，自然是要让众生如他药师琉璃光佛没有差别。
更独特的是药师琉璃光佛，第一大愿就说：他成佛就让我们成佛，是无条件的。不是还要怎样慢慢修、慢慢来、而是马上、当下、你愿意去承担敢说：我也要成佛，药师琉璃光佛就以愿力加持我们成佛。
「第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽；光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业」。
药师琉璃光佛第二愿他要帮助一切堕落在无明深坑、忧恼黑暗、无依无助、最悲惨的角落，这一切众生佛要帮助他们，得到智能光明、法喜欢乐、法眷依怙、自在安乐。让他们随在六道自在无碍，广行菩萨救苦事业(荷担如来家业)。
「第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之」。
药师琉璃光佛第四愿他要帮助一切迷失正道、无明颠倒、这一类自己伤害自己又伤害别人，纵然诸佛出现于世间教化亦难化导之邪见恶业众生。
药师琉璃光佛都不嫌弃、舍离、放逐、让他们沉沦生死、永无解脱，反而怜悯特别帮助他们。拔除他们根本恶因缘、根本邪见、根本无明、让他们安住在成佛的菩提道上。
对于二乘人一但取证二乘空法，经中说：那几乎是断除了成佛的种子，而药师琉璃光佛知到二乘人回心向大是非常困难的，药师琉璃光佛便要帮助他们都能回小向大，安住在大乘菩提到中。
在这诸位要特别注意，这里安住菩堤道与大乘都是讲安住在成佛的道路上，不是安住在一般的二乘菩提或大乘法而已喔。
在由法华经中提到：诸佛所说法，唯以一乘化，无二亦无三，唯除方便说。
由此比较可以知道药师琉璃光佛用心良苦，实在是以一乘大法化导众生，令众生皆得乘佛愿力直入佛地。
「第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣！」
药师琉璃光佛第五愿 他要帮助一切众生在他的教导之下，都能修行圆满清净行，
还要让这些众生戒行无缺，俱足摄律仪戒、摄善法戒、摄众生戒、这三个菩萨成佛必备之根本戒行。
假使有不得已而造成毁犯时，药师琉璃光佛广大慈悲以称念其名号，便令其戒体不失，回归清净。更不会因犯戒而堕落恶道。
戒为菩提本。戒为三世诸佛母。又大圣(佛陀觉者)度人，功唯在戒。
由此可知戒之重要性，而戒经中毁犯轻戒尚可忏悔复戒，重者不通忏悔，甚至部份戒律一但违犯即破戒体，并且当堕落在恶道。
药师琉璃光佛此愿真是用心良苦，深知末法众生，于诸戒律最易缺失，特以佛名为救护令诸众生修戒无后顾之忧，更是成就菩提根本，令生诸佛。
又古律宗大德曾提及中国之戒律代代相传，可惜早在民国以前早已断失。纵然受戒亦无实际传承戒体不成，甚感哀叹。
然而释尊早已洞察今日之事，早早为说药师琉璃光佛本愿功德，若诸众生能依持释尊教导修习药师法门，以佛愿力则戒体自然俱足，何须哀叹。
上诉诸大愿皆悉药师琉璃光佛广大无尽愿力，皆是成就菩提，速得成佛之大殊胜圆满。直入佛地，一实真道。
由于篇幅已相当大不容多做介绍，其余诸愿略以一言概括之，皆是诸佛广大利益众生所行，非是一般所谓权巧方便而已，余下诸行皆是从如来地，大菩萨地，所行无尽利生事业。是以药师经中释尊言此药师琉璃光佛本愿功德修法，是诸佛甚深所行。
结语：
药师琉璃光佛之伟大殊胜在于以诸佛之行持，而显最平易近人之帮助，彻底帮助众生而达到令诸众生皆悉成佛，的甚深境界。
又以佛地成就，善用于诸法，成就诸众生，此是诸佛、大菩萨.之所行持。正如佛经般若大智能：空而不空，不空而空。空中能显真妙有，妙有之中不离空。是为不二法。
而更重要的药师琉璃光佛是一个最实际的实法，佛法利益众生才是根本，若不能利益众生，那佛也没有办法成佛。而对众生最根的的就是生活，生活都不能过谈修行，说往生，谈什么实教权教那都是虚幻无任何利益的。
如同众生若饿的奄奄一息，却有人叫他念佛求往生。那真是颠倒无智能，就算要他念佛也得先给他温饱力气，不然念佛是念佛，气都没有还能有声音念，所以真正的实法就是要实际有利于众生，那才是实法。不然都是说食充饥，数他珍宝。毫无意义。
简略说：药师琉璃光佛是实实在在帮助众生安安稳稳的走在菩萨道上，具备一切资粮，没有后顾之忧，这样的菩萨，才能广利众生，而药师琉璃光佛真正伟大殊胜，是他成佛就要让众生成佛。(无条件的只要众生愿意) 这样的法门，是诸佛所赞叹的。是诸佛共愿中最殊胜的别愿，故有三世诸佛大愿王，别愿中最殊胜之大愿王。之称。
南无药师会上佛菩萨
南无善名称吉祥王如来
南无宝月智严光音自在王如来
南无金色宝光妙行成就如来
南无无忧最胜吉祥如来
南无法海雷音如来
南无法海胜慧游戏神通如来
南无药师琉璃光如来
南无日光遍照菩萨
南无月光遍照菩萨
奉请：
宮毗羅大將 跋折羅大將
迷佉羅大將 安捺羅大將
安怛羅大將 摩涅羅大將
因陀羅大將 波异羅大將
摩呼羅大將 真達羅大將
招度羅大將 鼻羯羅大將
日期:2012/7/5 15:41:00
正如法师：伟大的菩萨行