灵芝在传说中是神仙草，有起死回生的功效。灵芝可清肝热，热是温度过高，器官之间有压迫，血液粘稠，流速缓慢，严重的有粘连，更严重的有溃烂，细胞在此恶劣的环境中发生适应性突变，所以要清热解毒。灵芝服用过量，会把肝箍住，燥寒火，对身体不好，常服灵芝每次不超过1克，饮片泡茶最多指甲那么大。
河北省科学院微生物研究所副研究员郭振宇认为，灵芝的最大问题首先不在于栽培还是野生，也不在于是否破壁，而是重金属、有毒元素和农药残留。目前市场的实际情况是，国内企业更多是把眼光盯着有效成分含量，而忽略了安全性考虑。林志彬教授作为我国灵芝方面研究的学术权威，曾和同事调查过国内几个主产区的灵芝，结果发现，这些灵芝几乎都存在质量问题，最主要的问题就是重金属含量超标。林教授指出，这样的原料如果没有经过严格的审批程序，没有任何批准文号，甚至直接装袋加工，其铅、汞、农药残留等超标严重，作为保健食品长期服用，不仅对健康没有帮助，反而危害健康。林教授介绍说，针对灵芝产品的不诚实还有，一些产品并非加工提取的，而是将灵芝子实体或菌丝体磨粉后，直接装入胶囊，含大量纤维素及杂质，服用后吸收、利用不好。市场上有一些所谓灵芝茶类产品，实际上是冲剂，加入了糖粉，含糖量高，灵芝含量低。锗并非人体必需的微量元素，也不是灵芝的有效成分，所谓灵芝中所含有机锗疗效的宣传缺乏根据。硒虽为人体必需的微量元素，但对于不缺硒的人群无必要服用“富硒”灵芝产品，服用量超过人体需要反而有害。
林志彬教授和郭振宇副研究员都指出，没有证据表明野生灵芝的药效比人工栽培的灵芝好。郭振宇认为，野生灵芝与栽培灵芝如果所处生长环境相同，生长期相同，在成分上并无明显差异，有些药用成分野生灵芝的含量反而不如栽培灵芝。野生灵芝由于风吹日晒雨淋，虫蚁蛀蚀，所具有的有效成分将逐渐降低，最后整体木质化而降低功效。野生灵芝之所以被誉为仙草，是由于数量稀少，不易寻觅。自从上世纪50年代我国学者人工栽培灵芝成功后，随着栽培水平的提高，灵芝已揭下了神秘面纱，进入寻常百姓家。林志彬教授指出，野生灵芝达100多种，而我国《药典》只收录了赤芝和紫芝两种，很多品种肉眼难以区分，收购者在进行原料采购时对质量难于控制。
灵芝和灵芝孢子粉并不等同，功能也不完全一样。北京大学医学部药理系教授、中国药理学会理事长、中国食用菌协会副会长林志彬教授介绍，我国2000年版《药典》中收入了灵芝子实体，灵芝孢子粉则未入《药典》，它是灵芝的种子，是灵芝成熟后才产生的，只有在显微镜下才能见到明确个体形态的微小生物体，它只是被卫生部收入了新资源食品范畴。
郭振宇指出，关于灵芝孢子粉不破壁就不能吸收的说法根据不足。根据陈体强等《未破壁孢子与破壁孢子的比较》的研究，破壁的孢子粉（破壁率≥95%）的粗蛋白、总糖及锌、铜、铬、硒等微量元素的含量变化不大，包括牛磺酸在内的19种游离氨基酸含量也没有明显的变化，只是破壁的孢子粉粗脂肪及水溶性多糖的含量分别比未破壁的提高了38.95%和20.83%。根据杨新林博士等《灵芝破壁孢子与不破壁孢子的显微镜观察与生化测定比较研究》的报告显示，针对破壁和未破壁孢子粉连续3次水煮提取液的数据检测分别为：破壁孢子粉的还原含糖量分别为71.6%、23.9%、4.5%，未破壁孢子粉则为64.9%、18.5%、16.6%。在多肽含量方面，破壁孢子粉分别为56.8%、38.8%、4.4%，不破壁孢子粉分别为54.5%、35.5%、10.0%。
林志彬认为，如果说农残是灵芝产品本身存在的最大问题的话，那么对灵芝生产企业来说，最恶劣的莫过于虚假炒作。有的灵芝类保健食品宣称能抗肿瘤，纯属夸大宣传。灵芝确实对肿瘤患者的放化疗有增效减毒作用，但仅限于辅助作用。大量研究表明，单用灵芝治疗肿瘤是不妥的。出现这种现象的原因无外乎一个利字，许多厂家眼热肿瘤这一“市场”，人为抬高价格，牟取暴利。
